El Museu del Suro de Palafrugell fou fundat formalment l’any 1972. Va néixer vinculat a la figura de l’arqueòleg gironí Miquel Oliva que, conjuntament amb els investigadors locals J. Badia i A. Recasens, van ser-ne els impulsors. Les prospeccions arqueològiques de Palafrugell i la seva comarca, fetes pel grup fundador, determinaren les principals col·leccions inicials.

L’any 1976 l’Ajuntament va cedir-li una de les sales de la Casa de Cultura Josep Pla. El contingut bàsic d’aquest primer museu estava constituït per un “conjunt d’arqueologia, ceràmica i eines que pertanyien a la indústria surera relacionada amb la tradició local”.

A partir de les primeres eleccions municipals democràtiques (1979), el Museu experimenta els efectes de l’esclat de la cultura local. S’entra en una fase de dinamització. Es traslladen les instal·lacions a Can Genís, una antiga fàbrica suro-tapera. S’inicien els inventaris. Se li dóna una important projecció pública a partir de la realització d’exposicions temporals. Es creen seccions, entre elles l’arxiu (germen de l’actual arxiu municipal), element constitutiu del que a partir de llavors es denominarà Museu-Arxiu de Palafrugell. Finalment es dona un impuls d’urgència a les excavacions arqueològiques de l’assentament romà de Llafranc i, posteriorment, s’inicien les excavacions programades al poblat ibèric de Sant Sebastià.

El Museu del Suro de Palafrugell rep un fort impuls quan al 1986 es crea la primera plaça de conservador i es realitza el projecte museològic. Aquest projecte defineix el Museu del Suro com una institució pública, oberta a la participació de la societat, sense ànim de lucre, que té per funció adquirir, conservar, estudiar i difondre de forma integral l’herència cultural i el patrimoni natural relacionats amb el món del suro a Catalunya, amb els propòsits de contribuir, com element de qualitat, al desenvolupament social, econòmic i cultural de la comunitat; d’oferir suport a l’educació formal i com a proposta d’educació informal; així com alternativa de creació i d’oci.

Al 1987 el Museu del Suro de Palafrugell es trasllada a la seu actual, un edifici racionalista de l’arquitecte gironí Emili Blanch i Roig, construït entre 1931 y 1934.